تبلغ المخطوطات العربية والشرقية في مصر نحو 110 ألف مخطوط وهي تأتي في المرتبة الثانية بعد مجموعة مخطوطات تركيا .
أما مجموعة دار الكتب فتبلغ نحو 57 ألف مخطوط تعد من أقيم وأنفس المجموعات العالمية بتنوع موضوعاتها وبخطوطها المؤرخة أو التي بخطوط مؤلفيها أو بخطوط العلماء، وأيضا بوفرة عدد ضخم من المصاحف الشريفة والربعات وبعضها على الرق يرجع أقدمها إلى عام 77هـ وهو مصحف منسوب للإمـام الحسن البصري ( ضمن مجموعات طلعت برقم 50 مصاحف )، بالإضافة إلى مجموعة نادرة من المصاحف المملوكية التي وقفها سلاطين المماليك على مدارسهم التي أنشأوها في القاهرة والتي نقلت إلى دار الكتب في نهاية القرن الماضي، وكذلك مجموعة نادرة من المخطوطـات الفارسية المزينة بالصور (المنمنمات) وبماء الذهب وبالألوان البديعة
كان رصيد دار الكتب من المخطوطات حتى أول أبريل عام 1916م 19 ألف مخطوط بينها :
- 3458 مخطوطاً تمثل مجموعة مصطفى فاضل ويرمز لها في الفهارس بالرمز (م) (منها 2473 مخطوطا تركياً و 335 مخطوطاً فارسيا)
- و 345 مخطوطاً موقوفة من محمد محمود بن التلاميذ الشنقيطي أضيفت إلى رصيـد الدار بعد وفاته عام 1322هـ/1904م ويرمز لها في فهارس الدار بالرمز (ش).
- بالإضافة إلى 189 مصحفاً (منهـا 27 بالقلم الكوفي على رق غزال) .
- ومخطوطات على باشا مبارك التي أُضيفت إلى الدار في عام 1895 بعد سنتين من وفاته.
وأقدم هذه المخطوطات النسخة الوحيدة من "الرسالة في أصول الفقه " للإمام محمد بن إدريس الشافعي كتبها الربيع بن سليمان المرادي صاحب الشافعي في مطلع القرن الثالث الهجري وعليها إجازة بخطه بنسخ الكتاب مؤرخة سنة 265هـ ، وهي من بين مخطوطات مجموعة مصطفي فاضل ومحفوظة الآن تحت رقم 41 أصـول فقه م.
وابتداء من عام 1929م أضيف إلى رصيد الدار مكتبات غنية أثرت رصيد الدار من المخطوطات وضاعفت حجم مخطوطاتها نحو ثلاث مرات وهذه المكتبات هي :-
مكتبة قولة التي أنشأها محمد علي باشا في مدينة قولة مسقط رأسه وأضيفت إلى دار الكتب في سنة 1929 وكلها مخطوطات وعدد مجلداتها 3440مجلداً.
مكتبة الأمير إبراهيم حليم وعدد مخطوطاتها 641 مجلداً.
مكتبة خليل أغا وعدد مخطوطاتها 686 مجلداً.
مكتبة الإمام الشيخ محمد عبده وعدد مخطوطاتها 108 مجلداً.
مكتبة أحمد طلعت بك المتوفى سنة 1346هـ/1927م وعدد مخطوطاتها 9549 مجلداً.
المكتبة التيمورية التي جمعها أحمد تيمور باشـا وضمت إلى الدار بعد وفاته سنة 1348هـ/1930م وعدد مخطوطاتها 8673 مجلداً.
المكتبة الزكية التي جمعها أحمد زكي باشا ووقفها في حياته على قبة السلطان الغوري بالغورية ثم نقلت إلى دار الكتب المصرية سنة 1935 وعدد مخطوطاتها 1482 مجلداً.
مكتبة السيد أحمد الحسيني وعدد مخطوطاتها 245 مجلداً.
هذه هي أهم المكتبات الخاصة التي ضمت إلى الدار وتحوي مخطوطات واحتفظت بوحدتها .
وهناك بعض مكتبات أخرى أقل شأنا منها أدمجت في الرصيد العام للدار الذي بلغ عدد مخطوطاتها حتى نهاية عام 1954م 38583 مجلداً، كمكتبات: السيد وجيه العمري والسيد عمر مكرم والشيخ أحمد أبي خطوة والسيد علي جلال الحسيني.
أصدر برناردو موريتيز مدير دار الكتب بين سنتي 1896 – 1911 كتاباً عرض فيه لوحة مختارة من ذخائر دار الكتب من المصاحف وأوراق البردي العربية والمخطوطات تمثل نماذج للخط العربي وتطوره عبر ألف عام
Bernard Moritz, Arabic palaeography. A Collection of Arabic ****s from the First Century of the Hidjra till the Year 1000, (edited by), publication of the khedivial library, Cairo nُ 16 . Cairo-Wein 1905. 188 planches [ 46x32 cm ]
كما أصدر قسم المخطوطات بالدار في سنة 1989 دليلا يعرف بالمصاحف والمخطوطات العربية والفارسية وأدوات الكتابة وأوائل المطبوعات المعروضة بمعرض دار الكتب.