فهرسة المخطوطات تختلف عن فهرسة المواد المطبوعة الأخرى لأن كل مخطوط ينفرد بخصائص فردية تعتمد على إنتاج المؤلف والخطاط ، وتتعامل المخطوطات من حيث المداخل وفقاً للقواعد التي تحكم مداخل الكتب ، إذا كان اسم مؤلف المخطوط معروفاً فإنه ينبغي أن يدخل تحت اسمه وفقاً للشكل المتبع بالنسبة لمؤلفي الكتب المطبوعة ، ونضيف هنا أهمية تحقيق اسم المؤلف ، وتاريخ الميلاد ، والوفاة في المدخل ، أما إذا المخطوط مجهول المؤلف فإنه يدخل تحت العنوان الذي يعرف به المخطوط
ويجري وصف المخطوط علمياً بأبرز مميزاته من الناحيتين الخارجية والداخلية وعلى هذا فإن فهرسة المخطوط يجب أن تتضمن الأمور التالية
أ) المميزات الخارجية: ويشمل كل ما يتعلق بالمخطوط من حيث هو إنتاج مادي
1- المادة المستخدمة في الكتابة (ورق ، رق ، بردي )
2- الخط ونوعه
3- الحبر ونوعه
4- التهذيب والزخرفة
5- عدد ورقات المخطوط ، عدد الأسطر ، حجم الصفحات .
6- التجليد ( عادي ، مذهب ، مزخرف )
ب) المميزات الداخلية: ويشمل على كل ما يتعلق بالمخطوط من حيث هو إنتاج فكري
1- اسم الكتاب كما هو مثبت على المخطوط
2- اسم المؤلف متبوعاً بتاريخي الميلاد ، والوفاة
3- اسم الناسخ ، وتاريخ النسخ ومكانه
4- اسم المترجم ، وتاريخ الترجمة ومكانها
5- ذكر قائمة المخطوط
6- ذكر خاتمة المخطوط
7- موجز بالأبواب والفصول ، والموضوعات
8- مصدر المخطوط
9- مصادر عن المؤلف ، وعن المخطوط .